Daten aus Pathologieberichte extrahieren

Ein Pathologiebericht ist der Datensatz auf Probenebene, den ein Pathologe nach Untersuchung des einem Patienten entnommenen Gewebes unterzeichnet, und es ist das Dokument, das die Krankheit benennt. Ein chirurgischer Pathologiebericht zu einer Stanzbiopsie der Brust trägt eine Zugangsnummer wie S26-04412, den anfordernden Arzt Dr. Priya Nair, den unterzeichnenden Pathologen Dr. Alan Whitfield und drei Untersuchungsebenen: die makroskopische Beschreibung der Probe bei Eingang, die mikroskopischen Befunde unter dem Objektträger und die endgültige Diagnose. Tumorregistrare, onkologische Koordinatoren und Datenteams von Krebszentren lesen diese Berichte, um Fälle zu erfassen, Krankheitsstadien zu bestimmen und die elektronische Patientenakte (EMR) zu befüllen, wobei jeder Bericht über Patientenaktennummer und Geburtsdatum mit einem Patienten verknüpft ist. Die Schwierigkeit liegt in den ergänzenden Untersuchungen und der kodierten Diagnose. Ein Bericht zum Mammakarzinom bleibt selten bei der Beschreibung stehen: Er enthält ein Immunhistochemie-Panel (IHC) mit Ergebnissen zu Östrogenrezeptor, Progesteronrezeptor, HER2 und Ki-67, teils spezielle histochemische Färbungen und molekulare Untersuchungen, jeweils mit eigenem Antikörper oder Marker und positivem oder negativem Ergebnis. Die Diagnosezeile verbindet den Fließtext, invasives duktales Karzinom Nottingham-Grad 2 nach der Tumorklassifikation der World Health Organization, mit einer kodierten Morphologie nach ICD-O, und ein Bericht kann geändert oder als Nachtrag mit Datum 2026-06-30 ausgestellt werden, sobald die Färbungen vorliegen. Synoptische Vorlagen des College of American Pathologists überführen einen Teil davon in Checklisten, dennoch mischen die meisten Berichte weiterhin Fließtext mit einem Untersuchungsraster. Talonic liest den Pathologiebericht in einen strukturierten Datensatz ein, der Probe, Diagnose und ergänzende Untersuchungen getrennt hält. Ein Abschlussbericht mit Datum 2026-06-26 zu einer am 2026-06-24 entnommenen Stanzbiopsie der rechten Brust der Patientin Margaret Halloran am Mercy Regional Laboratory liefert die makroskopische Beschreibung, die mikroskopischen Befunde und eine Diagnose eines invasiven duktalen Karzinoms mit dem Code 8500/3, mit den ER-, PR-, HER2- und Ki-67-Ergebnissen in einer Untersuchungstabelle, sodass ein Tumorregister oder eine EHR mit Feldern statt mit einem gescannten Bericht arbeitet. Der Bericht enthält geschützte Gesundheitsinformationen (PHI), und Talonic gibt die vom Pathologen festgestellten Befunde und die Diagnose exakt wie geschrieben wieder, ohne die Objektträger zu interpretieren oder eine eigene Diagnose zu stellen.

Was aus Pathologieberichte extrahiert wird

So funktioniert die Extraktion für Pathologieberichte

Pathologieberichte stammen aus Laborinformationssystemen in unterschiedlichen Layouts für chirurgische Pathologie, Zytologie und Hämatopathologie, sodass sich die Abschnitte für Makroskopie, Mikroskopie und Diagnose sowie die Platzierung des Untersuchungsrasters von Labor zu Labor unterscheiden. Talonic klassifiziert den Bericht und ordnet ihn dem klinischen Schema in der Field Registry zu, das die Probe und ihre Entnahmedetails von den mikroskopischen Befunden und der kodierten Diagnose trennt. Spezialfärbungen, immunhistochemische Marker und molekulare Untersuchungen werden jeweils als Zeile in einer Studientabelle mit ihrem Ergebnis zurückgegeben, und die Diagnose führt den ICD-O-Morphologiecode, sofern der Bericht einen angibt. Jeder Wert wird mit einem Konfidenzwert und einer Pixel-Region-Herkunft gemäß DIN SPEC 91491 zurückgegeben, und da es sich beim Bericht um geschützte Gesundheitsdaten handelt, werden die Felder nur an das Konto freigegeben, das ihn eingereicht hat. Talonic gibt die Befunde und die Diagnose wie geschrieben zurück und liest weder die Objektträger noch trifft es eine klinische Entscheidung.

Beispielextraktion

Ein finaler chirurgisch-pathologischer Bericht zu einer Stanzbiopsie der Brust

{
  "document_number": "S26-04412",
  "document_date": "2026-06-26",
  "status": "final",
  "patient.name": "Margaret Halloran",
  "patient.medical_record_number": "00814423",
  "patient.date_of_birth": "1968-11-02",
  "patient.gender": "female",
  "ordering_provider.name": "Dr. Priya Nair",
  "pathologist.name": "Dr. Alan Whitfield",
  "specimen.type": "Core needle biopsy",
  "specimen.collection_date": "2026-06-24",
  "specimen.anatomic_location": "Right breast, upper outer quadrant",
  "specimen.laterality": "right",
  "clinical_history": "52-year-old with a suspicious mass on screening mammography, BI-RADS 4",
  "gross_description": "Three cores of tan-white fibrofatty tissue, aggregate 2.1 cm, entirely submitted in cassette A1",
  "microscopic_findings": "Infiltrating nests and cords of atypical epithelial cells within a desmoplastic stroma; no in-situ component identified in these cores",
  "diagnosis": "Invasive ductal carcinoma, Nottingham grade 2",
  "immunohistochemistry": "ER positive (95%), PR positive (80%), HER2 negative (score 1+), Ki-67 15%",
  "special_stains": "None performed",
  "molecular_studies": "Deferred to excision specimen",
  "conclusion": "Findings consistent with invasive ductal carcinoma; recommend correlation with imaging and surgical planning",
  "report_category": "Surgical pathology",
  "performer": "Mercy Regional Laboratory",
  "specimens": [
    {
      "specimen_id": "A1",
      "type": "Core needle biopsy",
      "collection_date": "2026-06-24",
      "anatomic_location": "Right breast, upper outer quadrant",
      "laterality": "right"
    }
  ],
  "diagnoses": [
    {
      "diagnosis_id": "D1",
      "diagnosis": "Invasive ductal carcinoma, Nottingham grade 2",
      "icd_code": "ICD-O 8500/3"
    }
  ],
  "special_studies": [
    {
      "study_id": "S1",
      "study_type": "immunohistochemistry",
      "study_name": "Estrogen receptor (ER)",
      "result": "Positive, 95%"
    },
    {
      "study_id": "S2",
      "study_type": "immunohistochemistry",
      "study_name": "Progesterone receptor (PR)",
      "result": "Positive, 80%"
    },
    {
      "study_id": "S3",
      "study_type": "immunohistochemistry",
      "study_name": "HER2",
      "result": "Negative, score 1+"
    },
    {
      "study_id": "S4",
      "study_type": "immunohistochemistry",
      "study_name": "Ki-67",
      "result": "15%"
    }
  ]
}

Häufig gestellte Fragen